農(nóng)業(yè)部環(huán)境保護科研監(jiān)測所于1979年經(jīng)國務(wù)院和農(nóng)業(yè)部批準正式建立，直屬農(nóng)業(yè)部領(lǐng)導(dǎo)。1997年劃歸中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院，2002被科技部、財政部、中編辦批準為非營利性科研機構(gòu)。

農(nóng)業(yè)部環(huán)境監(jiān)測總站設(shè)在該所，是全國農(nóng)業(yè)環(huán)境監(jiān)測網(wǎng)絡(luò)牽頭單位和業(yè)務(wù)指導(dǎo)單位。

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